L'inhibition : on y est...

Publié le 19 Janvier 2011

Chose promise, chose écrite, je vais me pencher cette fois-ci sur l'inhibition,

sujet suffisamment important et long pour qu'il soit surement traité en plusieurs fois.

L'inhibition a déjà été évoquée précédemment dans "le monde des fluorophores partie 2" à propos des molécules le plus souvent utilisées et de la manière de rendre un résultat compte tenu d'un contrôle d'inhibition.

Néanmoins, ce que je vais évoquer ici est la caractérisation de l'inhibition par des résultats PCR, mais aussi les moyens de s'en affranchir plus ou moins complètement et enfin la manière de rendre un résultat selon les différents niveaux d'inhibition rencontrés.

Mais avant tout développement approfondi qui va venir sous peu, il est bon de savoir si dans vos runs de PCR, vous estimez qu'il peut y avoir de l'inhibition.

Plusieurs paramètres peuvent vous mettre la puce à l'oreille :

- Sigmoïdes d'amplification non idéales comprenant :

Aplatissement de la courbe
Affaiblissement des niveaux de fluorescence brute
Courbes d'amplification à forme anormale
Segment exponentiel de la courbe élargi ou aplatiplutot qu'une augmentation rapide et quasi verticale graphiquement parlant

- Dilution non retrouvée en PCR (si par exemple votre dilution au 1/10e donne le même résultat que votre échantillon au 1/1, c'est que votre "pur" est inhibé).

Si vous avez de temps à autre un de ces résultats là dans vos échantillons, c'est que vous devez probablement être confronté à de l'inhibition.

Dans les posts suivants, je vais tacher de vous faire part de mon expérience à ce sujet (matrices Eau et Environnement) qui est assez fourni en exemple et la plupart du temps associé avec la solution que j'ai trouvé...

Pour ma part, je tache également de suivre les normes établies à ce sujet (dont toujours la fameuse NF T90-471), avec le soucis de décrire au mieux une inhibition.

Je ne suis pas en effet partisan du facteur correcteur qui quantifie l'inhibition pour rectifier la valeur cible du même facteur que l'inhibition a été quantifiée. Dans ce cas là, on dilue pour s'affranchir de l'inhibition et on calcule la valeur cible par le phénomène de dilution.

Bref, c'est un détail qui viendra plus loin, mais je tenais à le signaler.

Merci encore pour vos questions et vos commentaires que je tache de répondre le plus rapidement et efficacement possible.

Bonne amplif et à très vite pour la suite de l'inhibition.