Afin d'attendre un peu l'article de fond sur le contrôle d'inhibition et les stratégies que je peux vous livrer, il y a sur le marché des entreprises qui ont développées des solutions commerciales.

Historiquement, et à ma connaissance qui n'est pas exhaustive, Applied Biosystem était le seul (sinon un des seuls) il y a quelques années à proposer une solution d'IC (Inhibition Control) commerciale permettant donc de contrôler l'inhibition en duplex de qPCR.

Son petit nom?

TaqMan Exogenous Internal Positive Control.

Celui ci fonctionne plutot bien, avec une sonde greffée en VIC pour ne pas interférer avec le FAM qui est greffé sur la plupart des sondes cibles de PCR. Le soucis étant tout de meme devoir réaliser une compensation de couleur entre les deux sondes greffées en FAM et VIC car il y a un chevauchement des spectres entre les deux molécules et on retrouver du signal de VIC dans FAM, d'où une mésinterprétation possible. J'en reparlerai dans les posts suivants.

De plus, il est appelé "Internal" mais en fait il est totalement chimérique et étranger au système cible (puisqu'il peut etre n'importe lequel). Donc il utilise des amorces différentes de la cible ainsi que la sonde. Il est dond dans la catégorie des IC non compétitifs externes (car ADN cible différent en tout point à la cible elle meme).

Néanmoins il fonctionne plutot bien, réagit bien à l'inhibition malgré une plutot forte concentration d'ADN cible propre au système (Ct aux alentours de 31-32), ce qui peut poser des problèmes de sensibilité sur la cible en faible quantité.

Toujours à ma connaissance, il existe maintenant 2 nouvelles références de qualité en terme de concurrence :

- Eurogentec : Universal Exogenous qPCR Positive Control

- Qiagen : QuantiFast Pathogen +IC Kits

Je n'ai que peu de temps d'essai sur le kit Eurogentec qui a bien fonctionné néanmoins quand je l'ai testé. Il est greffé en Yakima Yellow, similaire au VIC.

Je n'ai pas testé le kit Qiagen, donc pas de commentaire dessus. A noter malgré tout que ce dernier existe en version ADN et ARN.

Voilà pour les quelques infos du moment, à bientot pour des nouvelles de la PCR et de l'inhibition en particulier...

Merci et bonne amplif.